・フレームワーク本体は Cake の中に、
・自分の作成するアプリケーションは、app の中に、
保存します。
データベースの中に、例えば books というテーブルがある場合、
テーブル名:books
モデル(modelフォルダの中に):book.php
コントローラ(controllerフォルダの中に):books_controller.php
ビュー:(view フォルダの中に)
\books\index.thtml
\books\edit.thtml
\books\add.thtml
\books\view.thtml
という配置になります。なお、これらのファイルを手作業で書く必要はありません。cake\scripts\bake.php というスクリプトファイルを作ると、一発で自動生成してくれます。(ほかのテーブルとのリレーションまで設定可能です。)