「array_combineじゃなくて、array_diffを使ったほうが速いし出力もクリーンだ」とか、そういうレベルの話です。
https://trac.cakephp.org/ticket/5665
https://trac.cakephp.org/ticket/5688
https://trac.cakephp.org/ticket/5703
https://trac.cakephp.org/ticket/5735
世の中には色々な人がいるので、こういう部分でも最適化が進んでいくんですね。フレームワークコアのTestcaseがあるので、こういう関数の置き換え処理をした場合にも、それでフレームワーク全体に影響が出ないのかを検証できます。
アルゴリズムレベルでの最適化がいちばん効果的であるのはいうまでもありませんが…。